すでに削除されているゲームオブジェクトを参照しようとしたときに、このようなエラーが表示されます。
MissingReferenceException: The object of type 'GameObject' has been destroyed but you are still trying to access it.
よくあるケースは、Prefabをヒエラルキービューで直に使用したとき。
Prefabデータを入れるところが、間違って現存データを入れてしまっているとします。
現存データが削除されてしまった場合、当然Prefabは生成できないため、上記のような参照エラーが出るんですね。
エラー内容を把握するのに、けっこう時間もかかるので、まずはここを疑ってみましょう。